מצד אחד, היעילות של טיפולים ושיטות שונים של רפואה משלימה או רפואה אלטרנטיבית לא נחקרו בצורה מדעית. טיפול אלטרנטיבי אף אינו מחייב לימודים מוסדרים או קבלת תעודה או הסמכה. טיפול אלטרנטיבי אף עלול לכלול בחובו סכנות, ולא מדובר בעניין ש ' אם לא יועיל בטח לא יזיק ' אלא טיפולים אלטרנטיביים עלולים להיות בעלי השלכה שלילית אם לא מבוצעים כהלכה או אם אינם מתאימים למטופל או למצב בריאותו, או אם מודבר בנשים במהלך הריון, וזאת מבלי להיכנס אף לעלויות הכספיות הנכבדות בהן הם כרוכים.
טיפול אלטרנטיבי מפורסם פעמים רבות תחת הילה של מיסטיקה, ויש להפריד בין השניים. לא מדובר בדת או כת, אלא בניסיון לשפר את אורח החיים ולהגביר מודעות לגוף. טיפול אלטרנטיבי אינו מיסטיקה ואף שיש מי שקושרים בין השניים, הרי שהכוונה אינה לאסטרולוגיה, נומרולוגיה, גרפולוגיה, קריאה בקפה, קריאה בקלפים וכדומה.
חשוב גם לציין כי טיפול או שימוש ברפואה אלטרנטיבית מחייב אבחון, בדיקה, טיפול וליווי של אנשי מקצוע אמינים, מוסמכים ומנוסים. טיפול כזה חייב להתאים למטופל. הדבר נכון לגבי כל האנשים אך במיוחד אנשים שמצבם הבריאותי או הגופני או הנפשי בעייתי ומחייב גם ייעוץ של רופא. כך למשל, נשים במהלך הריון או אנשים שאינם בריאים חייבים להיוועץ גם עם רופא קונוונציונלי לפני תחילת טיפול אלטרנטיבי.
מצד שני, הניסיון מראה, כי הרפואה המשלימה והטיפולים האלטרנטיביים הולכים ומקבלים מקום ואף הכרה, לצד הרפואה הקונוונציונלית ובתמיכה לרפואה המסורתית או הרפואה הקונוונציונאלית. מקצתם של הטיפולים ברפואה המשלימה נחקרו ויעילותם הוכחה מבחינה מדעית. יתרה מזאת, כיום מוצעים טיפולים שונים הן באמצעות מטפלים פרטיים והן באמצעות מטפלים מוסדיים כולל קופות חולים מסוימות. בנוסף קיים היתרון של הגברת מודעות לגופנו ולבריאותנו, וכאשר הדבר נעשה במינון נכון ובצורה מאוזנת ומדעות כזו תורמת גם לחיזוק ושיפור אורח החיים ואיכות החיים.